Stálá expozice "Dějiny Benátecka"- zatím dokončen vstupní sál (osobnosti regionu, dějiny muzea), oddělení životního prostředí, expozice archeologie.

Stálá expozice seznamuje s jednou z nejvýznamnějších epoch v architektonickém a urbanistickém vývoji města Brna. Umístěna v prostorách historického hradu Špilberk.

Historie osídlení jižní Moravy, antropologická expozice, sladkovodní akvárium, fauna Moravy, expozice věnovaná zakladateli geneticky Mendelovi, mineralogicko-petrografická expozice Svět nerostů, paleontologická expozice.

Muzeum se specializací na těžbu zlata v ČR. Expozice o historii turistiky a trampingu v ČR.

Muzeum Dr. Aleše Hrdličky v Humpolci seznamuje se životem tohoto českého antropologa. Antropologická a národopisná expozice.

Krkonošská muzea ve Vrchlabí, Jilemnici a Pasekách nad Jizerou. Expozice "Kámen a život" a "Člověk a hory".

Muzeum seznamuje s historií těžby zlata na Písecku, chráněnými územími okresu Písek, geologií a mineralogií Písecka. Expozice "Ryby a rybářství" prezentuje v řadě akvárií představuje ryby českých řek, rybníků a přehradních nádrží.

Muzeum seznamuje s historií dolování stříbra, součástí muzea je i zpřístupněný starý stříbrný důl.

Museum zaměřené na mimoevropské civilizace, s obsáhlým depositářem spírkových předmětů a jedinečnou knihovnou odborné literatury.